Prototype 2 - Начало
Prototype 2 начинается с главного героя, сержанта Джеймса Хеллера, который возвращается в Нью-Йорк после двухлетнего отсутствия. Он в поисках своей семьи, которая пропала во время инцидента, связанного с инфекцией вирусом "Черной лозы". Хеллер намерен раскрыть правду о том, что произошло с его семьей, и найти тех, кто ответственен за это.
После возвращения в город, Хеллер узнает, что вирус стал еще более смертоносным и мутировал, превращая людей в монстров и создавая хаос и разрушение по всей Нью-Йорку. Он также обнаруживает, что его старый знакомый, военный био-оружейник Алекс Мерсер, который принимал участие в разработке вируса, теперь обладает сверхчеловеческими способностями и стал самым опасным созданием в городе.
Хеллер решает исследовать свои новые способности, которые он получил вследствие инфицирования вирусом, и использовать их для того, чтобы найти Мерсера и дать отпор его армии мутантов. Игра начинается с пробуждения в героическом платье и Хеллер отправляется на поиски своего врага.